जपानी एन्सेफलायटीसमुळे होऊ शकणारे सर्वात महत्वाचे रोग किंवा गुंतागुंत खालीलप्रमाणे आहेत:
मानस - मज्जासंस्था (F00-F99; G00-G99)
- कायमचे न्यूरोलॉजिक आणि/किंवा मानसिक नुकसान, अनिर्दिष्ट - अर्ध्याहून अधिक प्रकरणांमध्ये.
गर्भधारणा, बाळंतपण आणि प्युरपेरियम (O00-O99)
- गर्भपात (गर्भपात)
